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MEGA：新版本12发布！分子进化与系统发育分析软件的强大升级，计算更快更智能！
随着分子进化与系统发育研究的快速发展，对高效、准确的软件工具需求日益增加。2024年12月10日，备受瞩目的MEGA软件迎来了最新版本——MEGA12！相关文章于当日上线bioRxiv。文中描述，MEGA12版本不仅在计算效率上有了显著提升，还引入了创新的功能，助力科研工作者更快、更精准地完成系统发育分析。主要新特点如下：1.计算效率的大飞跃在分子系统发育学中，模型选择和最大似然法（ML）分析是必… -
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
基因序列的多物种比对与进化分析是研究物种间遗传关系和功能保守性等的关键步骤。今天，我们将以T2R41基因为例，手把手教大家如何下载基因序列、进行多序列比对，以及构建分子进化树。 -
MEGA:多序列比对软件的下载与安装
在生物信息学研究中，多序列比对是解析生物序列功能和进化关系的重要工具之一。而MEGA(MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis)软件则是进行多序列比对和进化分析的经典工具之一，其强大的功能和可视化界面受到广大科研人员的青睐。本期，我们将手把手教大家如何下载和安装MEGA软件，并为接下来的生物信息分析打下基础... -
ESPript：轻松绘制多序列比对结果，打造出版级Figure！
在上一期文章中，我们介绍了如何在线高效完成蛋白序列比对，并获得了.fasta或.fa格式的比对结果文件。本期，我们将通过ESPript工具，将这些比对结果转换成清晰、美观的图，让研究成果轻松达到出版级别。什么是ESPript？ESPript(EasySequencinginPostScript)是一个专为学术研究者设计的在线工具，可... -
一文教你快速完成多物种蛋白序列比对及进化树构建！🧬
当我们研究一个蛋白时，探索其在不同物种间的保守性很关键。这不仅能帮助我们理解蛋白的功能和进化历史，还能为进一步实验设计提供线索，如保守性等。在本期文章中，我们将教你如何通过Uniprot网站，快速完成多物种蛋白序列比对和进化树构建。无需下载任何工具，全程在线完成，简单高效！✨步骤一：打开Uniprot并检索目标蛋白打开uniprot网站：https://... -
安装VMware Tools ：优化 Ubuntu 使用体验
在上一期教程中，我们在VMware虚拟机中成功安装了Ubuntu系统。然而，许多朋友可能会发现，新安装的Ubuntu系统在使用过程中存在一些小问题，比如屏幕边缘有黑边、无法自动调整分辨率，以及虚拟机与主机之间无法实现剪切板内容的同步等。这些问题虽然不影响系统的正常运行，但会对用户体验造成一定的不便。在使用VMware时，你可能还会看到VM... -
从虚拟机到Ubuntu系统：全面配置教程，带你轻松上手Linux
上期我们一起下载并安装了VMware，您的电脑里已经有了虚拟机，现在我们一起来为虚拟机配置Linux环境。这里我们选择使用Ubuntu桌面版系统。ubuntu系统是一个以桌面应用为主的Linux操作系统，Ubuntu基于Debian发行版和GNOME桌面环境。Ubuntu的目标在于为一般用户提供一个最新的、同时又相当稳定的主要由自由软件构建而成的操作系统，它可免费使用，并带有社团及专业的支持应。接… -
组织特异性基因怎么确定？TissueEnrich包帮你
上期我们介绍了TissueEnrich包的安装方法以及对人鼠的基因列表进行组织特异性基因富集分析，本期我们来学习TissueEnrich包如何鉴定组织特异性基因，本期主要用到TissueEnrich的teGeneRetrieval功能函数，该函数可探索任意物种的组织特异性表达基因。teGeneRetrieval函数：组织特异性表达基因识别在基... -
初入Linux：虚拟机从下载到安装的全面教程
VMwareWorkstation介绍VMwareWorkstation在生物信息学中常用于模拟操作系统环境，例如在Windows上运行Linux系统以支持特定的软件工具（如GATK、Blast、STAR等）。它可以用于测试生物信息软件的兼容性，配置高性能虚拟机运行计算密集型任务（如RNA-seq分析），以及通过隔离环境确保数据安全。... -
TissueEnrich：基因集的组织特异性富集分析R包
科研数据分析中，如何知道你的差异基因或得到的基因列表富集在什么组织中？今天分享的TissueEnrich包可以轻松帮你解答这个问题。我们一起来学习一下这个R包。TissueEnrich包简介TissueEnrich包用于计算一组输入基因中的组织特异性基因富集程度。例如，用户可以输入RNA-Seq数据中表达量最高的基因或基因共表达模块，以确定在这些数据集中...