超级增强子介绍超级增强子的概念于2013年由美国学者RichardA.Young及其团队首次提出。与调控范围通常在200-300个碱基对（bp）的普通增强子相比，超级增强子的显著特征在于其巨大的基因组跨度，通常可达8至20千碱基对（kb）甚至更长。超级增强子区域结合多种转录因子，调控转录状态。1.1定义与发现发现历程：从普通增强子到超级增...

在现代生命科学研究中，基因组数据已成为不可或缺的资源。无论是基础研究还是转化医学，如何快速、准确地获取并解析基因组信息，直接决定着科研效率。在众多基因组数据库中，Ensembl无疑是全球最常用、功能最全面的基因组浏览与注释平台之一。打开浏览器，输入https://www.ensembl.org1.什么是Ensembl？Ensembl是由...

在日常科研和数据分析中，Python环境管理常常是大家的第一道坎。不同的软件和包之间可能存在依赖冲突，这时候一个好用的环境管理工具就显得尤为重要。Conda就是这样一款跨平台的包管理与环境管理工具，它不仅可以管理Python包，还能管理R、C++等多语言依赖，是生物信息、机器学习、数据分析等领域的必备工具。很多同学一听到Conda，就会想到庞大的Anaconda。但其实，如果你不需要自带几百个包的…

你是否好奇自己的网站访客来自世界哪个角落？想用酷炫的可视化地图展示流量分布？今天推荐一款免费+高颜值的全球访客追踪工具——ClustrMaps！无需复杂代码，3步即可为网站装上「地理之眼」！🔍什么是ClustrMaps？ClustrMaps是一款实时可视化访客地理追踪工具，通过动态地球仪（GlobeWidget）或经典世界地图（MapWidget），直观展示网站访问者的全球分布。无论是个人博客、企…

在当今生物信息学飞速发展的时代，如何快速找到适合自己的分析工具、获取最新的技术资源，成为了每位研究者都关心的问题。今天要向大家介绍的是生物信息学领域的重要资源网站——Bioconductor(https://www.bioconductor.org/)。相信会安装R包的小伙伴一定听说过BiocManager包，之前我们也有提到过。本次我们详细讲解一下提供B...

基因序列的多物种比对与进化分析是研究物种间遗传关系和功能保守性等的关键步骤。今天，我们将以T2R41基因为例，手把手教大家如何下载基因序列、进行多序列比对，以及构建分子进化树。

在上一期文章中，我们介绍了如何在线高效完成蛋白序列比对，并获得了.fasta或.fa格式的比对结果文件。本期，我们将通过ESPript工具，将这些比对结果转换成清晰、美观的图，让研究成果轻松达到出版级别。什么是ESPript？ESPript(EasySequencinginPostScript)是一个专为学术研究者设计的在线工具，可...

上期我们一起下载并安装了VMware，您的电脑里已经有了虚拟机，现在我们一起来为虚拟机配置Linux环境。这里我们选择使用Ubuntu桌面版系统。ubuntu系统是一个以桌面应用为主的Linux操作系统，Ubuntu基于Debian发行版和GNOME桌面环境。Ubuntu的目标在于为一般用户提供一个最新的、同时又相当稳定的主要由自由软件构建而成的操作系统，它可免费使用，并带有社团及专业的支持应。接…

上期我们介绍了TissueEnrich包的安装方法以及对人鼠的基因列表进行组织特异性基因富集分析，本期我们来学习TissueEnrich包如何鉴定组织特异性基因，本期主要用到TissueEnrich的teGeneRetrieval功能函数，该函数可探索任意物种的组织特异性表达基因。teGeneRetrieval函数：组织特异性表达基因识别在基...

科研数据分析中，如何知道你的差异基因或得到的基因列表富集在什么组织中？今天分享的TissueEnrich包可以轻松帮你解答这个问题。我们一起来学习一下这个R包。TissueEnrich包简介TissueEnrich包用于计算一组输入基因中的组织特异性基因富集程度。例如，用户可以输入RNA-Seq数据中表达量最高的基因或基因共表达模块，以确定在这些数据集中...